Geboren 1973, wuchs er im peruanischen Amazonasgebiet auf und lebte dort bis in sein frühes Teenageralter. Michael Saxer studierte Film- und Geschichtswissenschaften an der Universität Zürich und begann erste Erfahrungen an Filmsets in unterschiedlichen Departements zu sammeln.
Nach einem Filmproduktionsstudium an der Zürcher Hochschule der Künste absolvierte er die Masterclass in Cinematography an der National Film & Television School PWSTiF in Lodz, Polen. Seit 2004 arbeitet Saxer als Director of Photography. Zu seinen preisgekrönten Filmen gehören unter anderem LANDESVERRÄTER von M.Krummenacher, WOLKENBRUCHS WUNDERLICHE REISE IN DIE ARME EINER SCHICKSE von M. Steiner, oder SNOW WHITE von Samir.